Seit dem Schuljahr 2015/2016 ist das Elly ein kooperativer Standort der Helene-Schoettle-Schule (SBBZ mit dem Förderschwerpunkt geistige Entwicklung).
Mit fünf Klassen gibt es inzwischen in den Jahrgangsstufen 5 bis 9 jeweils eine kooperative Organisationsform.
Die Klassen setzen sich aus einer Klasse des Elly-Heuss-Knapp-Gymnasiums und einer Klasse der Helene-Schoettle-Schule zusammen. Diese werden innerhalb der Schulgemeinschaft vorwiegend als eine gemeinsame Klasse geführt. Der Klasse stehen in der Regel zwei Klassenräume zur Verfügung. Geleitet wird die Klasse von einem Team aus zwei Sonderpädagog*innen und zwei Gymnasiallehrkräften.
Beide Schulen nehmen Rücksicht auf die besonderen Bedürfnisse der Schüler*innen und passen ihre Organisationsstruktur den Voraussetzungen und Bedingungen durch Klassengröße, Teamzusammensetzung, Räumlichkeiten und Materialien an.
Abhängig von den jeweiligen Stundenplänen wird versucht, in möglichst allen Fächern kooperativ zu unterrichten. Um trotzdem allen Anforderungen, Förderzielen und Bildungsplänen gerecht zu werden, planen die Lehrkräfte in Eigenverantwortung regelmäßig getrennte Stunden ein.
Der Unterricht wird im Team-Teaching, aber auch selbstorganisiert oder lehrkraftzentriert durchgeführt. Die Wahl der didaktischen Methoden obliegt dem Lehrer*innenteam unter Berücksichtigung des Unterrichtsinhaltes, der individuellen Lernzugänge und -voraussetzungen der Schüler*nnen sowie des Erwartungshorizontes der Unterrichtseinheit. Im Mittelpunkt steht dabei immer das Lernen am gemeinsamen Gegenstand.
Als pädagogisches Grundprinzip der kooperativen Organisationsform sollen in den Kooperationsklassen sowie in der gesamten Schulgemeinschaft gegenseitige Wertschätzung, Toleranz und Akzeptanz einen elementaren Stellenwert im Lebensalltag der Schüler*innen finden.
Die Schule leistet mit dieser Art der regelmäßigen und alltäglichen Begegnung einen wichtigen Beitrag für eine inklusive Gesellschaft, die Vielfalt als Chance verinnerlicht und gemeinsames Leben als Grundprämisse aller Gesellschaftsbereiche begreift.